Doki Doki Pretty Cure suit les aventures de Mana Aida, une collégienne de 14 ans en deuxième année et la présidente du collège de Ougai. Elle est toujours de bonne humeur et adore aider les autres. Un jour, lors d'une sortie scolaire à la Tour du Trèfle, des monstre nommés Jikochu apparaissent et attaquent les visiteurs. Ces monstres ont créés par les égoïstes, des personnes malveillantes qui veulent remplir le monde de haine. Alors que les visiteurs de la tour sont effrayés, une Pretty Cure du nom de Cure Sword fait son apparition. Mais se fait vite attrapée par les égoïstes. En voulant aider Cure Sword, Mana se transformera en Pretty Cure du nom de Cure Heart à l'aide de Sharuru, une fée venant du royaume Trump. En devenant une Pretty Cure, Mana devra se battre contre les égoïstes pour rétablir la paix au royaume Trump et sur la Terre. Elle se fera aider par ses amies Rikka Hishikawa et Alice Yotsuba qui deviendront Cure Diamond et Cure Rosetta et de Cure Sword qui est en fait la star préférée de Mana, Makoto Kenzaki et qui vient du royaume Trump.